Según el soporte de almacenamiento, los tipos de certificados que puede obtener son básicamente dos:
- Certificado de software: se trata de un certificado cuyo soporte físico es un fichero que se almacena en un ordenador, en un servidor o en un navegador. Un ejemplo serían los certificados de persona física que emite la Fábrica Nacional de Moneda y Timbre (FNMT) en el marco del proyecto CERES.
- Certificado de tarjeta: en este caso, el certificado electrónico se encuentra en una tarjeta criptográfica inteligente. Por ejemplo, el DNI electrónico contiene certificados de este tipo. También la FNMT emite certificados en este soporte.